Wir haben leider keine Vorstellung vom Aussehen der ersten Kirche in Wedinghausen, in der Graf Friedrich der Streitbare von Arnsberg 1124 bestattet worden ist. Spätestens die Klosterstiftung 1170/73 so lässt sich vermuten ist Anlass für den Bau einer romanischen Basilika gewesen. Sie hatte schmale, niedrige Seitenschiffe. Die Größe und Höhe des Mittelschiffes ist am Gewölbebogen der Ostwand des Westturmes abzulesen, der ebenfalls von diesem Bau herrührt. Die Fundamente einer einfachen halbrunden Apsis als Chorabschluss wurden um 1980 ergraben.

Diese Kirche scheint bei einem Klosterbrand im Jahre 1210 zerstört worden zu sein. Danach erst wird man den heutigen Bau begonnen haben. Dazu schob man den neuen Chor sehr nah an den jäh abfallenden Felsabhang zur Ruhr hin vor.

Der heute noch vorhandene Chorraum in frühgotischen Formen und wohl auch das anschließende Joch - wurden 1254 geweiht. In den folgenden 100 Jahren bis ca. 1350 scheint der Kircheninnenraum als sog. "Westfälische Hallenkirche" (Seitenschiffe fast so hoch wie das Mittelschiff) in den heutigen Ausmaßen fertiggestellt worden zu sein. Die erste Arnsberger Stadtansicht von ca. 1580 zeigt die Kirche in der jetzigen Form.

Entsprechend ihrer Doppelfunktion als Pfarrkirche der Stadt Arnsberg und als Klosterkirche war der Kirchenraum in der Mitte ? ähnlich einem Lettner - durch eine Mauer getrennt. Die Pfarrkirche befand sich im westlichen Teil, der Ostteil mit dem Chor lag vom Niveau her sieben Stufen höher und diente als Klosterkirche. Hier befanden sich viele Erbbegräbnisstätten des heimischen Adels, z.B. der Familien von Fürstenberg, von Landsberg oder von Dücker. Die massive Trennmauer zwischen Pfarr- und Klosterkirche wurde 1700 durch ein großes schmiedeeisernes Gitter ersetzt. Nach der Säkularisation des Klosters diente die gesamte Kirche als Pfarrkirche, die östliche Hälfte wurde sieben Stufen tiefergelegt, so dass ein einheitliches Niveau entstand. Die Innenausstattung wurde durch barocke Einrichtungsgegenstände aus der abgebrochenen Kirche der Abtei Grafschaft ergänzt (Kanzel, Beichtstühle).