Seit 1792 drangen französische Revolutionstruppen zum Rhein vor. Im Jahre 1794 wurde die Lage des Kölner Kurfürsterzbischofs Maximilian Franz von Österreich (1757-1801) und seiner Residenzstadt Bonn so kritisch, dass alle kurkölnischen Behörden und der Landesherr in die rechtsrheinischen Teile des Kurstaates übersiedelten. Auch das Kölner Domkapitel floh mit dem Schrein und den Reliquien der Hl. Drei Könige, dem Domschatz, der Dombibliothek und dem Domarchiv nach Arnsberg, der Hauptstadt des Herzogtums Westfalen. Hier fand es in der Abtei Wedinghausen bis 1803 sichere Zuflucht. Hier waren die unermesslich kostbaren Kölner Domschätze vor fremdem Zugriff und vor Zerstörung sicher. Die hochadeligen Herren und die gelehrten Räte des Kölner Domkapitels fanden in Wedinghausen gastliche Aufnahme. Der Abt stellte ihnen auch einen Teil seiner eigenen Räumlichkeiten zur Verfügung. Die Klosterkirche hatte damals quasi den Status einer Kathedralkirche. Fast zehn Jahre residierte das Domkapitel hier. Nach dem Tode des Kurfürsterzbischofs wählte es im Oktober 1801 in Arnsberg Anton Viktor von Österreich (1779-1836), den Bruder Kaiser Franz II., zum Nachfolger. Doch der Untergang der geistlichen Staaten des Hl. Römischen Reiches Deutscher Nation warn schon besiegelt, so dass Anton Viktor das neue Amt nicht mehr antrat und das Kölner Domkapitel von Wedinghausen aus die kurfürstlichen Lande "sede vacante" bis zur militärischen Besetzung durch Hessen-Darmstadt Anfang September 1802 regierte.

Damit zerbrach die jahrhundertealte Verbindung des rheinischen Erzstiftes mit dem kurkölnischen Sauerland, das seit seiner Belehnung mit dem Titel eines Herzogs von Westfalen und Engern 1180 und der Übertragung der Grafschaft Arnsberg 1368 vom Kölner Kurfürsterzbischof regiert worden war. Die Umbruchphase von 1794 bis 1803 führte zu einer gewaltigen Umgestaltung Deutschlands. Der Reichsdeputationshauptschluß vom 25. Februar 1803 sanktionierte die Säkularisation der meisten geistlichen Staaten und Klöster. Westfalen war davon ganz besonders betroffen, da rund 2/3 seiner Fläche von geistlichen Fürsten regiert wurde.

Vor der Besetzung des Herzogtums Westfalen durch den Landgrafen von Hessen-Darmstadt hatte das Domkapitel vorsorglich einen großen Teil der Domschätze, darunter den weltberühmten Dreikönigsschrein, heimlich nach Frankfurt schaffen lassen. Von hier aus wurde er 1803 wieder an den Kölner Dom zurückgegeben. Die prächtige goldene Hülle war wieder an ihrem angestammten Platz, doch die eigentliche Hauptsache, die Reliquien der Drei Könige, fehlten noch. Der Landgraf von Hessen-Darmstadt gestattete schließlich, dass die im Kloster Wedinghausen noch verbliebenen Reliquien nach gründlicher Inaugenscheinnahme im Dezember 1803 wieder ihren Weg von Arnsberg nach Köln antreten konnten. Mit großem Jubel und unter Ehrensalut und Glockengeläut wurde ihre Ankunft in Köln am 4. Januar 1804 gefeiert.

Viele mittelalterliche Pergamentcodices, Pokale und Wertgegenstände aus dem Herzogtum Westfalen wurden 1802 in Arnsberg von den Hessen beschlagnahmt und nach Darmstadt geschafft, wo sie bis auf den heutigen Tag verblieben.

In Wedinghausen haben die Hl. Drei Könige und die Kölner Domschätze die kritische Umbruchzeit zwischen dem Zusammenbruch des mittelalterlichen Deutschen Reiches und der Installierung einer neuen Ordnung überdauert. Diese "Zuflucht zwischen Zeiten" hat maßgeblich dazu beigetragen, dass einzigartige Schätze der Kultur- und Menschheitsgeschichte bis in die heutige Zeit überdauert haben. Die Heiligen Drei Könige – im kurkölnischen Sauerland schon immer beliebte Heilige – sind seit ihrem "Exil" in Arnsberg ganz besonders tief in der Volksfrömmigkeit und dem kollektiven Gedächtnis der Sauerländer verwurzelt. Davon zeugen unzählige Geschichten, Erzählungen und Gedichte, die sich um sie ranken.